Här drogs järnvägen fram genom de bördiga markerna i den flacka och det låglänta dalgången där Väsbyån sedan urminnes tider flyter fram. Ån var en naturlig gränslinje mellan Hammarby och Eds socken.
Det första stationshuset byggdes 1865 på Runbys mark där vägen västerut, mot Eds kyrka och Stäket, korsade spåren. Många tyckte att den nya stationen låg avigt till. I den mån man kunde tala om någon central bebyggelse i Hammarby stod denna att finna kring Uppsalavägen mellan Löwenströmska och Pickuskrogen (Gamla Apoteket). Det var också här man ursprungligen tänkt dra järnvägen - järnvägsstyrelsen ville att den skulle följa den gamla landsvägen mellan Stockholm och Uppsala. Stationen skulle då ha legat vid vägkorsningen invid Pickus, på Stora Wäsbys ägor.
Det är kanske också här man kan hitta förklaringen till varför stationen fick heta just "Wäsby". Det är ju lite underligt att en station som ligger i Runby i Eds socken fick namnet "Wäsby" och inte "Runby". Det kanske var så att SJ bara "tog med sig" namnet på hållplatsen när man så småningom ändrade den planerade sträckningen av järnvägen. Stationshuset förblev under några år den enda byggnaden i området.
På 1870-talet tillkom några byggnader strax norr om stationen, bland annat Henriksborg där Richard Eriksson öppnade diversehandel. I övrigt var området ren landsbygd i ytterligare 35 år.
1903 uppfördes Wäsby Verkstäder i närheten av stationen och det är då grunden till det "moderna" Väsby grundlades. Men någon större befolkningsexplosion blev det inte. 1920 uppges ett 30-tal personer bo kring stationsområdet.
I samband med utbyggnaden av järnvägen till dubbelspår 1907 revs det ursprungliga stationshuset. Bangården utvidgades och ett nytt stationshus uppfördes. Det är det huset som idag är restaurang "Stationshuset". Den enda byggnaden som är kvar från den ursprungliga stationsanläggningen är magasinet, idag ombyggd till pub.
Namnet "Wäsby" ändrades 1929 till "Upplands Väsby". Anledningen var upprepade felsändningar av gods och post. Dels förväxlades Väsby med Visby på Gotland och dessutom fanns det flera andra platser i Sverige med namnet Väsby. Det fick bli Väsby i Uppland - Upplands Väsby.